生物統計解析161031

本日の課題用サンプルファイル
提出先：mikimnakao@kyudai.jp
テキストファイル（R consoleなど）はメール本文でも、添付書類でもOK。
ヒストグラム、散布図は、PDFかJPG形式で、メール添付書類としてください。
提出締切は、11月7日 17:00
※メールのタイトルは、「生物統計解析レポート」としてください。
本文中に、氏名と学籍番号を記入すること。


養殖場のコイ40尾の抗体依存的補体活性（CCP）と非依存的補体活性（ALT）を測定したデータです。コイの性別（Sex）、年齢（Age）も記録されています。

こちらからダウンロード、あるいは下記をコピー＆ペースト

FishNo,Sex,Age,CCP,ALT
1,f,1,30,80
2,m,2,24,55
3,m,2,12,40
4,m,1,35,70
5,m,3,20,35
6,f,3,15,48
7,f,4,14,60
8,m,4,10,65
9,f,2,20,40
10,f,1,30,29
11,f,2,20,50
12,m,1,21,48
13,m,1,12,40
14,f,2,22,38
15,f,2,10,55
16,m,4,20,50
17,f,4,14,24
18,f,4,25,48
19,f,3,26,39
20,f,2,30,44
21,m,2,23,51
22,m,1,18,49
23,f,3,19,30
24,m,3,21,24
25,f,2,10,50
26,m,1,22,44
27,f,1,31,35
28,f,1,22,28
29,m,2,23,49
30,m,3,14,38
31,m,2,11,30
32,f,1,19,30
33,f,1,26,62
34,m,3,22,34
35,m,3,17,40
36,m,2,15,38
37,f,2,20,29
38,f,4,21,51
39,m,2,30,48
40,f,1,14,33

第4章の課題（レポート）
１．CCP, ALTの度数分布グラフ＝ヒストグラムを作成。
２．CCP, ALTの散布図を描画。
３．コイの性別ごとに、Summaryコマンドを用いて、CCP, ALTの基礎統計量を計算。
４．全個体を対象として、CCPとALT間の相関係数を求める。
５．年齢とALT間の相関係数を求める。

水族生化学 講義 10/17

10/17　講義のQ&A



→Ａns：10/24にさらに説明します。

→Ans：条件によっては致死なので、魚種ごとに条件を検討する必要があります。どんな条件下は、たとえば、「第一卵割阻止　圧力　温度」でググって文献を探してみてください。



→Ans：一例は、Quantitative Trait Linkage解析などによる育種が可能になることですが、「遺伝子地図　応用」などの検索語で調べてみては？


→有意な大型化はしません。　下記の解説も参考になります。
http://www.agri-kanagawa.jp/naisui/yosyoku/ayu_3bai_a.html
http://www.miyagi.kopas.co.jp/JSFS/JSFS-kids/daigaku9.html
http://www.pref.nagano.lg.jp/suisan/jisseki/salmon/dekirumade.html
http://www016.upp.so-net.ne.jp/NorthWind-hkd/sub07/yonbaitai/page07_yonbai.html




→Ans：この図のことですか？　4nは、第2極体放出された後に第1卵割を阻止すると生じます。


→Ans：具体的にどの部分がわからなかったのか不明なので、聞きに来てください。説明します。

生物統計解析 2016 10/24

サンプルデータ（p47）はこちら。

https://share.iii.kyushu-u.ac.jp/public/9gWsQAuJlUNAVNQBBe5X2NzwccFqD-XCrEPvTo3OOifh

上記ファイル中の見出しは英語としています。
または、下記をコピペして使いましょう。

番号,性別,出身県,内外,テレビ,社交性,事前,事後
1,f,a,i,7,5,49,71
2,f,b,i,1,7,47,68
3,f,c,o,1,8,57,81
4,f,b,o,3,8,52,71
5,f,c,o,2,9,53,61
6,m,a,i,6,5,63,66
7,f,a,o,4,6,56,70
8,m,c,o,5,3,65,64
9,m,b,o,3,5,75,74
10,m,a,i,4,3,61,78
11,f,a,i,8,3,55,66
12,f,a,i,6,5,61,71
13,m,b,i,3,3,70,68
14,m,b,i,5,2,69,65
15,m,a,i,3,5,65,71
16,f,b,i,4,3,60,59
17,m,b,o,5,3,70,62
18,m,c,o,2,6,63,61
19,m,c,o,1,7,68,66
20,f,c,o,4,3,54,53
21,f,a,i,2,8,60,78
22,m,a,o,7,3,69,68
23,m,c,o,2,8,64,65
24,f,a,o,7,4,52,67
25,m,a,o,3,6,58,69
26,m,c,o,1,7,65,71
27,m,b,o,1,8,64,79
28,f,c,o,4,4,59,64
29,f,c,i,3,6,45,51
30,f,b,i,5,6,50,49
31,m,b,o,1,9,72,71
32,f,b,i,7,3,55,60
33,m,c,i,7,4,79,77
34,f,c,o,4,7,60,58
35,f,b,i,8,3,53,67
36,m,a,o,5,7,57,72

分子細胞生物化学特論（4／25）質問へのお返事

ここらあたりから情報を手繰ってみてはいかが？
https://en.wikipedia.org/wiki/Scaffold_protein

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細胞内シグナリングを担うタンパク質の構造はよく保存されており、利用するシグナル伝達物質も動物では広く共通です。

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長い間謎でしたが、こちらの記事で一旦がわかってきています。あくまでも哺乳類での例ですが。
http://www.natureasia.com/ja-jp/ni/pr-highlights/421

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今回お話した研究では、M2が一人で取り組んで、半年くらいの実験で検証した結果を示しました。あと半年あればもっと発現応答のメカニズムに迫ることができたでしょうね。

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感染に応答して働く場所や、その局所での最適な機能を果たすことができる抗体クラスを産生できる、という意味があると考えられています。ちなみに、硬骨魚類ではクラススイッチは認められていません。
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指摘する通り、癌細胞に遺伝子を導入して、その遺伝子の正常な細胞での機能を推し量るというやり方には自ずと限界があります。様々な細胞株で試して結果を裏付けることが重要でしょう。

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こちらを参照して、さらに参考文献を調べてはいかがですか。

https://en.wikipedia.org/wiki/Immunoglobulin_A

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ここから参考文献を見つけて読んでみましょう。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%8A%97%E4%BD%93

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肝臓と腎臓における両アイソタイプの発現挙動を再現できそうな株化細胞（長期培養可能で均質な細胞）を使いたかったからです。魚類由来のそのような細胞株は手に入らなかったので、哺乳類（ヒト）の癌細胞株を利用しました。

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まずはこちらの資料をどうぞ。

http://www.promega.co.jp/pdf/naninani_reporter.pdf

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Leucine-Rich Repeatを含むタンパク質は様々な動物に存在します。（たとえばTollやToll-like Receptorsなどの自然免疫関連レセプターなど。）　ただし、無顎類で抗体として働くVariable Lymphocyte Receptorは、他の動物群には見つかっていません。

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ありません。IgM＋IgDから、IgG、IgAあるいはIgEにスイッチします。

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rag1の配列でblast検索してみよう！

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質問の意味を確認したいので、今度もう一度聞かせてくださいますか？

分子細胞生物化学特論（4／18）質問へのお返事

※4／18の分子細胞生物化学特論に寄せられた質問への返事です。

全長1057アミノ酸から成るRag1タンパク質のR797がStopコドンに変異（CGA→TGA）しています。R797はRag1の触媒活性に必須のドメインなので、途中でStopコドンがはいると活性を失います。

Science. 2002 Jul 5;297(5578):99-102.

Target-selected inactivation of the zebrafish rag1 gene.

Wienholds E1, Schulte-Merker S, Walderich B, Plasterk RH.

抗体のクラスは、H鎖定常域の遺伝子が組変わって変化します。


Rag1によるVDJあるいはVJの再構成が起きないと抗体は作られません。vitroで再構成が可能かどうかは不明です。


同種移植片の拒絶は起きません。これにはマクロファージは直接は関与しないと言われてます。


自然界での原因はわかりません。人為的には、温度ショック、圧力ショックなどで阻害できます。


不利な点があるかもしれません。それゆえに、4倍体化した染色体が長い年月のうちに徐々に2倍体化していくのかもしれません。
http://www.tr.yamagata-u.ac.jp/~sasanuma/baisuuseishinnka/baisuuseishinnka.html

魚類免疫学集中講義＠東大水産実験所

2015.8.11-12

中尾のプレゼンテーションファイルはこちらからダウンロードできます。

基礎化学B 140523

プレゼンテーションファイルはこちら。
https://storage.iii.kyushu-u.ac.jp/public/igrMQA2JcQNAz5sBm4lGAX4jVKkMlkxeFIkpnTnvaBWq

筋収縮の動画はこちら。
他にも…
https://www.youtube.com/watch?v=H6okUPuyby0
地味な日本語version
https://www.youtube.com/watch?v=li5BOvj9X3I

質問は、ここのコメント欄でも、直接下記にメールでもOKです。
mikimnakao@kyudai.jp