2016年10月31日月曜日

生物統計解析161031

本日の課題用サンプルファイル
提出先:mikimnakao@kyudai.jp
テキストファイル(R consoleなど)はメール本文でも、添付書類でもOK。
ヒストグラム、散布図は、PDFかJPG形式で、メール添付書類としてください。
提出締切は、11月7日 17:00
※メールのタイトルは、「生物統計解析レポート」としてください。
本文中に、氏名と学籍番号を記入すること。


養殖場のコイ40尾の抗体依存的補体活性(CCP)と非依存的補体活性(ALT)を測定したデータです。コイの性別(Sex)、年齢(Age)も記録されています。

こちらからダウンロード、あるいは下記をコピー&ペースト

FishNo,Sex,Age,CCP,ALT
1,f,1,30,80
2,m,2,24,55
3,m,2,12,40
4,m,1,35,70
5,m,3,20,35
6,f,3,15,48
7,f,4,14,60
8,m,4,10,65
9,f,2,20,40
10,f,1,30,29
11,f,2,20,50
12,m,1,21,48
13,m,1,12,40
14,f,2,22,38
15,f,2,10,55
16,m,4,20,50
17,f,4,14,24
18,f,4,25,48
19,f,3,26,39
20,f,2,30,44
21,m,2,23,51
22,m,1,18,49
23,f,3,19,30
24,m,3,21,24
25,f,2,10,50
26,m,1,22,44
27,f,1,31,35
28,f,1,22,28
29,m,2,23,49
30,m,3,14,38
31,m,2,11,30
32,f,1,19,30
33,f,1,26,62
34,m,3,22,34
35,m,3,17,40
36,m,2,15,38
37,f,2,20,29
38,f,4,21,51
39,m,2,30,48
40,f,1,14,33

第4章の課題(レポート)
1.CCP, ALTの度数分布グラフ=ヒストグラムを作成。
2.CCP, ALTの散布図を描画。
3.コイの性別ごとに、Summaryコマンドを用いて、CCP, ALTの基礎統計量を計算。
4.全個体を対象として、CCPとALT間の相関係数を求める。
5.年齢とALT間の相関係数を求める。


2016年10月23日日曜日

水族生化学 講義 10/17

10/17 講義のQ&A



→Ans:10/24にさらに説明します。




→Ans:条件によっては致死なので、魚種ごとに条件を検討する必要があります。どんな条件下は、たとえば、「第一卵割阻止 圧力 温度」でググって文献を探してみてください。



→Ans:一例は、Quantitative Trait Linkage解析などによる育種が可能になることですが、「遺伝子地図 応用」などの検索語で調べてみては?


→有意な大型化はしません。 下記の解説も参考になります。
http://www.agri-kanagawa.jp/naisui/yosyoku/ayu_3bai_a.html
http://www.miyagi.kopas.co.jp/JSFS/JSFS-kids/daigaku9.html
http://www.pref.nagano.lg.jp/suisan/jisseki/salmon/dekirumade.html
http://www016.upp.so-net.ne.jp/NorthWind-hkd/sub07/yonbaitai/page07_yonbai.html




→Ans:この図のことですか? 4nは、第2極体放出された後に第1卵割を阻止すると生じます。


→Ans:具体的にどの部分がわからなかったのか不明なので、聞きに来てください。説明します。


生物統計解析 2016 10/24

サンプルデータ(p47)はこちら
https://share.iii.kyushu-u.ac.jp/public/9gWsQAuJlUNAVNQBBe5X2NzwccFqD-XCrEPvTo3OOifh
上記ファイル中の見出しは英語としています。
または、下記をコピペして使いましょう。

番号,性別,出身県,内外,テレビ,社交性,事前,事後
1,f,a,i,7,5,49,71
2,f,b,i,1,7,47,68
3,f,c,o,1,8,57,81
4,f,b,o,3,8,52,71
5,f,c,o,2,9,53,61
6,m,a,i,6,5,63,66
7,f,a,o,4,6,56,70
8,m,c,o,5,3,65,64
9,m,b,o,3,5,75,74
10,m,a,i,4,3,61,78
11,f,a,i,8,3,55,66
12,f,a,i,6,5,61,71
13,m,b,i,3,3,70,68
14,m,b,i,5,2,69,65
15,m,a,i,3,5,65,71
16,f,b,i,4,3,60,59
17,m,b,o,5,3,70,62
18,m,c,o,2,6,63,61
19,m,c,o,1,7,68,66
20,f,c,o,4,3,54,53
21,f,a,i,2,8,60,78
22,m,a,o,7,3,69,68
23,m,c,o,2,8,64,65
24,f,a,o,7,4,52,67
25,m,a,o,3,6,58,69
26,m,c,o,1,7,65,71
27,m,b,o,1,8,64,79
28,f,c,o,4,4,59,64
29,f,c,i,3,6,45,51
30,f,b,i,5,6,50,49
31,m,b,o,1,9,72,71
32,f,b,i,7,3,55,60
33,m,c,i,7,4,79,77
34,f,c,o,4,7,60,58
35,f,b,i,8,3,53,67
36,m,a,o,5,7,57,72